内閣府より「日本学術会議の在り方についての方針」（2022年12月6日）が公表された。 これに対し日本学術会議は、

1. 学術会議との対話なく法改正の理由も明らかにしないまま法制化が行われようとしていること、
2. 会員選考過程に第三者委員会の関与が提起されていること、
3. 第三者委員会の関与は任命拒否の正統化に繋がりかねないこと、
4. 現会員の任期調整が提示されていること、
5. 第四部の創設が提起されていること、
6. 政府等と問題意識や時間軸を共有することが強く要請されていること

を挙げ、「方針」の再考を求める声明を発出した（2022年12月21日）。とりわけ 2) と 6) は学術の独立性を危うくし、日本学術会議の存在意義の根幹に関わるものである。

東京地学協会はこれらの懸念を日本学術会議と共有し、内閣府に強く再考を求める日本学術会議を支持する。